Los microorganismos tienen un inmenso impacto en la agricultura; algunos pocos actúan como patógenos; muchos otros son esenciales para el funcionamiento de los ecosistemas contribuyendo desde aspectos fundamentales como los ciclos biogeoquímicos de los elementos (carbono, nitrógeno, azufre, hierro, entre otros).
Las bacterias y los hongos tienen la capacidad de promover el crecimiento de las plantas mediante asociaciones simbióticas o no simbióticas. El CIMIC ha desarrollado trabajos en caracterización de hongos micorrizógenos en plantas nativas, efecto de las micorrizas en el crecimiento de arboles nativos, búsqueda de rizobacterias inductoras de resistencia sistémica, y selección y caracterización de bacterias no simbióticas fijadoras de nitrógeno.
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